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Moteur de recherche d'offres d'emploi CEA

Ingénieur chercheur en informatique pour l'imagerie d'échantillons biologiques H/F


Détail de l'offre

Informations générales

Entité de rattachement

Le Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA) est un organisme public de recherche.

Acteur majeur de la recherche, du développement et de l'innovation, le CEA intervient dans le cadre de ses quatre missions :
. la défense et la sécurité
. l'énergie nucléaire (fission et fusion)
. la recherche technologique pour l'industrie
. la recherche fondamentale (sciences de la matière et sciences de la vie).

Avec ses 16000 salariés -techniciens, ingénieurs, chercheurs, et personnel en soutien à la recherche- le CEA participe à de nombreux projets de collaboration aux côtés de ses partenaires académiques et industriels.  

Référence

2022-22823  

Description de la Direction

Le Leti, institut de recherche technologique du CEA, a pour mission de créer de l'innovation avec ses partenaires industriels. Il fait le lien entre la recherche fondamentale et la recherche technologique dans le but d'améliorer la qualité de vie de chacun.

Description de l'unité

Au sein du Leti, le Laboratoire LSIV (Système d'Imagerie pour le Vivant) du DTBS (Département des Technologies pour la Biologie et la Santé) développe des systèmes d'imagerie non-conventionnelle pour des applications en diagnostic in-vitro, bio-production, sécurité et suivi de l'environnement. De par ses compétences pluridisciplinaires en instrumentation optique, traitement du signal et des images, le LSIV est un acteur pionnier dans le développement de nouvelles modalités d'imagerie comme l'imagerie holographique grand champ couplée à du traitement de l'information. Nos systèmes permettent d'observer sur un grand champ de vue des organes sur puces, cellules, voire des bactéries. Cette technologie développée au département depuis une 10aine d'année est protégée par plus de 28 brevets. Plus spécifiquement, le laboratoire développe une technique d'imagerie sans lentille – une microscopie numérique, compacte et simple – qui repose sur un principe innovant : l'objectif du microscope est remplacé par un algorithme de reconstruction holographique qui fournit une image de phase et d'absorption de l'objet imagé. L'intérêt principal de cette technique est son large champ de vision d'environ 30 mm2 qui permet en une seule acquisition d'imager jusqu'à 20 000 cellules.

Description du poste

Domaine

Mathématiques, information  scientifique, logiciel

Contrat

CDD

Intitulé de l'offre

Ingénieur chercheur en informatique pour l'imagerie d'échantillons biologiques H/F

Statut du poste

Cadre

Durée du contrat (en mois)

30

Description de l'offre

Le laboratoire LSIV recherche un ingénieur spécialisé en intelligence artificielle et plus spécifiquement en deep-learning pour la mise en place de réseaux de neurones dédiés à l'analyse d'image de phase de culture cellulaire.

Afin d'étendre la capacité de la plateforme d’imagerie en cours de réalisation, la personne recrutée sera chargée de développer des réseaux de neurones dédiés à la classification des phénotypes cellulaires et à la prédiction du sort cellulaire (normale versus cancéreuse). Comme données d'entrée pour ce réseau, nous utiliserons les mesures de cellules obtenues sur plusieurs heures, telles que la masse sèche des cellules, l'épaisseur des cellules, les caractéristiques morphologiques, la vitesse, etc. D'autres données d'entrée porteront sur la lignée cellulaire, la relation entre la cellule et son ancêtre, sa sœur et sa cousine, les mesures de la durée du cycle cellulaire, la durée de la mitose et le taux de croissance cellulaire. Toutes ces données seront utilisées pour entrainer des réseaux de classifieurs à distinguer les différents sous-types de cellules. La classification se fera avec et sans supervision. Les réseaux de neurones temporels seront entrainés pour extrapoler ces données et / ou classifier sur plusieurs heures afin de prédire l'état futur de la cellule.

Profil du candidat

- Diplôme d’ingénieur et / ou doctorat en informatique avec un fort intérêt pour l'imagerie d’échantillons biologiques.

- Solide expérience en deep-learning (architecture de réseau Fader, LSTM, classification non supervisée, VAE).

- Une expérience réussie dans un groupe de bio-imagerie est un atout.

- Maîtrise du français et / ou de l'anglais (oral et écrit), compétences en communication claire et efficace.

Localisation du poste

Site

Grenoble

Localisation du poste

France, Auvergne-Rhône-Alpes, Isère (38)

Ville

GRENOBLE

Critères candidat

Formation recommandée

BAC + 5

Demandeur

Disponibilité du poste

01/09/2022