Informations générales
Entité de rattachement
Le Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA) est un organisme public de recherche.
Acteur majeur de la recherche, du développement et de l'innovation, le CEA intervient dans le cadre de ses quatre missions :
. la défense et la sécurité
. l'énergie nucléaire (fission et fusion)
. la recherche technologique pour l'industrie
. la recherche fondamentale (sciences de la matière et sciences de la vie).
Avec ses 16000 salariés -techniciens, ingénieurs, chercheurs, et personnel en soutien à la recherche- le CEA participe à de nombreux projets de collaboration aux côtés de ses partenaires académiques et industriels.
Référence
2020-15059
Description de la Direction
Le CRefIX (Centre de REFérence, d'Innovation, d'eXpertise et de transfert) est, avec les plateformes de séquençage et le centre d'analyse de données, une des trois structures clés du Plan France Médecine Génomique 2025 (FMG 2025) visant à déployer l'analyse génomique dans l'offre de soins.
Description de l'unité
L'une des missions principales du CRefIX est d'assurer et garantir l'homogénéité et la qualité des solutions en biologie et bio-informatique déployées sur les plateformes de séquençage. Il contribue au développement et à l'intégration d'innovations sur l'ensemble de la chaîne du séquençage génomique à visée de soin, depuis le prélèvement, la préparation des échantillons et le séquençage, jusqu'à l'analyse et l'interprétation des données. Dans cette optique, il articule un travail de veille technologique, un travail de R&D et un travail d'accompagnement et de définition de standards pour permettre aux plateformes de séquençage d'opérer de façon homogène. Pour cela, il met au point, valide et diffuse des étalons biologiques et informatiques.
Description du poste
Domaine
Biologie, biophysique et biochimie
Contrat
CDD
Intitulé de l'offre
Ingénieur.e Bioinformatique H/F
Statut du poste
Cadre
Durée du contrat (en mois)
18-36 mois
Description de l'offre
Vous êtes chargé de mettre en œuvre et d'organiser la veille technologique sur les procédure informatiques et bioinformatiques à déployer sur les plateformes de séquençage et sur le CAD. Vous évoluerez au sein d'équipes bioinformatiques et les accompagnerez dans l’organisation du transfert de connaissances vers les plateformes de séquençage du PFMG2025. Vous deviendrez un référent technique du CRefIX pour les choix d’implémentation ou d’optimisation de solutions de traitement informatiques et bioinformatiques.
De manière plus spécifique, vous serez en charge de :
-la veille technologique dans le domaine du traitement de données issues de la génomique et transcriptomique ;
-la définition et la réalisation de benchmarks permettant d'évaluer et comparer les solutions logicielles ou matérielles (GPU, FPGA) ;
-l'installation et la gestion de logiciels métiers (bioinformatiques) sur l'infrastructure du CRefIX ;
-l'échange de connaissances avec les bioinformaticiens des plateformes et du CAD;
-le développement de nouveaux pipelines ;
-la présentation des travaux auprès des comités d’évaluation et des plateformes de séquençage du PFMG2025.
Profil du candidat
Titulaires d'un doctorat ou d'un diplôme d'ingénieur, vous devrez justifier d'une formation en informatique ou bioinformatique, suivie d'une expérience d'au moins 10 ans en analyse de données dans le domaine du NGS. Vous aimez travailler au sein d'équipes pluridisciplinaires. Vous
vous exprimez en français comme en anglais avec aisance.
Localisation du poste
Site
Fontenay-aux-Roses
Localisation du poste
France, Ile-de-France, Essonne (91)
Ville
2 Rue Gaston Crémieux, 91000 Évry
Critères candidat
Formation recommandée
Doctorat
Demandeur
Disponibilité du poste
04/01/2021
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