Pause
Lecture
Moteur de recherche d'offres d'emploi CEA

Stage Master Recherche en Métabolomique H/F H/F


Détail de l'offre

Informations générales

Entité de rattachement

Le Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA) est un organisme public de recherche.

Acteur majeur de la recherche, du développement et de l'innovation, le CEA intervient dans le cadre de ses quatre missions :
. la défense et la sécurité
. l'énergie nucléaire (fission et fusion)
. la recherche technologique pour l'industrie
. la recherche fondamentale (sciences de la matière et sciences de la vie).

Avec ses 16000 salariés -techniciens, ingénieurs, chercheurs, et personnel en soutien à la recherche- le CEA participe à de nombreux projets de collaboration aux côtés de ses partenaires académiques et industriels.  

Référence

2021-19246  

Description de l'unité

Le Genoscope/ CNRGH un acteur principal de la génomique en France, en particulier pour le développement du séquençage massif d'ADN et des techniques d'analyses bio-informatiques. Il s'attache principalement au développement de projets de génomique environnementale pour l'exploration de la biodiversité. L'Unité Mixte de Recherche Génomique Métabolique qui lui est associée conduit des projets pluridisciplinaires de recherche fondamentale, qui s'appuient sur des compétences clés en bio-informatique, biocatalyse, ingénierie métabolique, enzymologie et métabolomique. Au sein de l'UMR, le Laboratoire de Génomique et Biochimie du Métabolisme s'intéresse particulièrement à l'interprétation fonctionnelle des génomes procaryotes et explore les réactions chimiques du vivant avec un objectif fondamental majeur : la compréhension approfondie du métabolisme des procaryotes.
Le Genoscope rassemble une centaine de salariés permanents et une cinquantaine de salariés non permanents (CDD, doctorants, post-doctorants, stagiaires).
Le Genoscope/ CNRGH est implanté sur la Génopole d'Evry (91), 30 km au sud de Paris.

Description du poste

Domaine

Biologie, biophysique et biochimie

Contrat

Stage

Intitulé de l'offre

Stage Master Recherche en Métabolomique H/F H/F

Sujet de stage

Contexte : Projet DREAM; Appel à projets ANR "Antibiorésistance"
Le microbiote intestinal peut être impacté lors d'un traitement antibiotique et constitue ainsi un environnement essentiel pour l'émergence et la propagation de l'antibiorésistance. Étonnamment, la réponse à un traitement, en termes de sélection des gènes de résistance est très variable d'un individu à l'autre. Notre hypothèse est que le microbiote lui-même module l'impact du traitement et explique cette diversité de réponse. Ainsi, le projet DREAM, constitué d'un consortium multidisciplinaire, se propose d'analyser précisément la dynamique de génération et sélection de l'antibiorésistance dans un modèle de Microbiote intestinal in-vitro (minigut) combiné à l'étude d'une cohorte finement caractérisée en termes d'alimentation, Nutrinet-Santé.

Durée du contrat (en mois)

6 mois

Description de l'offre

Pour comprendre comment le microbiote réagit à l’administration d’antibiotiques, le laboratoire étudiera les voies métaboliques empruntées en recourant à une analyse métabolomique par chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse à très haute résolution (Orbitrap Elite). Cette approche permet de caractériser simultanément un grand nombre de petites molécules dans une grande variété d'échantillons biologiques, ce qui en fait un outil de choix pour évaluer le statut métabolique fonctionnel du microbiote. Dans le cadre du projet DREAM, le profilage des métabolites sera effectué pour évaluer les changements de métabolites causés par les traitements antibiotiques. Les résultats obtenus seront mis en relation avec les données métagénomiques et métatranscriptomiques recueillies en parallèle.
Sujet : Les miniguts permettent de cultiver simultanément 96 microbiotes différents en anaérobie pendant une période allant jusqu’à 3 semaines. Ils sont constitués de chambres de 15 ml totalement indépendantes, alimentées en continu par un milieu de culture imitant la composition du fluide présent dans la partie inférieure du tractus gastro-intestinal (sels biliaires et fibres solubles). Ils permettent un échantillonnage continu avec une haute résolution temporelle afin de suivre les changements dans le milieu après l'administration d'antibiotiques.
Le sujet du stage consistera en deux parties principales :
1) La préparation des échantillons : Vous établirez les modalités d’échantillonnage, à l’Institut Cochin (Paris), à partir des miniguts pour les analyses métabolomiques. Vous définirez le volume de prélèvement nécessaire pour obtenir un signal de qualité en LC/MS et les conditions optimales de conservation de l’échantillon afin d’obtenir des analyses reproductibles. Enfin, vous développerez les modalités d’extraction optimale des métabolites de l’échantillon biologique ainsi que leur séparation par chromatographie liquide.
2) L’analyse des données : A partir d’une approche non ciblée, vous analyserez la composition en métabolites du milieu de culture et évaluerez son évolution durant la période de culture, notamment en absence de traitement antibiotique. La détection des changements dans les spectres de masse sera facilitée par l’utilisation du logiciel libre XCMS (R). Vous utiliserez la masse précise des ions détectés pour interroger des bases de données de métabolites afin de leur proposer une identité. Cette identité sera finalement confirmée en comparant leur temps de rétention sur la colonne chromatographique, leur masse précise ainsi que leur profil de fragmentation (MSn) avec ceux de composés de référence. Cette étude est indispensable pour mettre en place l’échantillonnage et la méthode analytique, préalables essentiels à une étude métabolomique. Ce travail fournira également des données précieuses sur la stabilité du milieu de culture durant l’expérience. Ces informations auront un impact déterminant sur les diverses phases du projet.

Moyens / Méthodes / Logiciels

Vous maitrisez les logiciels de bureautique (Word, Excel) et rédigez avec aisance.

Profil du candidat

Vous souhaitez mettre en pratique vos apprentissages théoriques et recherchez un stage conventionné d'une durée de 6 mois, débutant en février/mars 2022 dans le cadre d'une formation de niveau Bac+5 de type Université ou Ecole d'Ingénieur. Vous appréciez le travail en laboratoire et avez de solides connaissances en chimie analytique. Des notions fondamentales en analyses statistiques seront appréciées.
Vous faites preuve de rigueur, d'un bon sens de l'analyse, d'esprit d'équipe et d'autonomie.

 

Merci d'envoyer vos candidature à Mr PERRET Alain par mail :  aperret@genoscope.cns.fr ou bien par téléphone : 01.60.87.45.90

Localisation du poste

Site

Fontenay-aux-Roses

Localisation du poste

France, Ile-de-France, Essonne (91)

Ville

EVRY

Critères candidat

Formation recommandée

BAC +5

Demandeur

Disponibilité du poste

01/02/2022