Informations générales
Entité de rattachement
Le CEA est un acteur majeur de la recherche, au service des citoyens, de l'économie et de l'Etat.
Il apporte des solutions concrètes à leurs besoins dans quatre domaines principaux : transition énergétique, transition numérique, technologies pour la médecine du futur, défense et sécurité sur un socle de recherche fondamentale. Le CEA s'engage depuis plus de 75 ans au service de la souveraineté scientifique, technologique et industrielle de la France et de l'Europe pour un présent et un avenir mieux maîtrisés et plus sûrs.
Implanté au cœur des territoires équipés de très grandes infrastructures de recherche, le CEA dispose d'un large éventail de partenaires académiques et industriels en France, en Europe et à l'international.
Les 20 000 collaboratrices et collaborateurs du CEA partagent trois valeurs fondamentales :
• La conscience des responsabilités
• La coopération
• La curiosité
Référence
2025-37643
Description de l'unité
Le Laboratoire L4IV (Laboratoire Instrumentation optique et traitement de l'Information pour l'Imagerie In Vitro) du CEA-Leti développe des systèmes d'analyse et d'imagerie optiques pour des applications en biologie, santé et environnement.
De par ses compétences pluridisciplinaires en instrumentation optique, traitement du signal et des images, le laboratoire L4IV est un acteur pionnier dans le développement de nouvelles modalités d'imagerie dites non-conventionnelles, comme l'imagerie holographique. Les systèmes d'imagerie de phase développés au laboratoire sont simples d'utilisation, compacts, et permettent l'observation long-terme d'échantillons biologiques non-absorbants comme les cellules non marquées.
Description du poste
Domaine
Mathématiques, information scientifique, logiciel
Contrat
Stage
Intitulé de l'offre
Segmentation 3D des noyaux d'embryons en imagerie de phase H/F
Sujet de stage
L'imagerie tomographique de diffraction est une technique d'holographie non invasive qui permet d'observer et de suivre en temps réel le développement d'objets biologiques complexes.
Au sein de notre laboratoire, nous avons développé HoloPhase3D, un microscope holographique compact qui peut fonctionner directement dans un incubateur cellulaire. Le dispositif a été principalement utilisé pour le suivi des embryons de souris à grande échelle (collaboration avec le CHU de Grenoble).
Ce microscope est associé à des algorithmes multicouches pour la reconstruction d'images en 3D. En plus, les algorithmes d'analyse d'images nous permettent de segmenter automatiquement les cellules ainsi que certaines structures intracellulaires en 3D, pour une analyse globale de la dynamique embryonnaire. Toutefois, la segmentation des noyaux cellulaires reste encore un défi majeur en imagerie de phase, nécessitant actuellement un marquage spécifique pour une visualisation efficace.
Durée du contrat (en mois)
6
Description de l'offre
Dans ce contexte, votre mission consistera à :
- Concevoir et développer des algorithmes d’IA pour définir la segmentation des noyaux d’embryons sur les images de phase à partir des images marquées ;
- Appliquer ces nouveaux algorithmes sur des time lapse d’images acquises sans marquage, afin de valider leur efficacité dans le temps et réaliser des analyses morphologiques ;
- Proposer des pistes d’amélioration pour optimiser les performances des algorithmes et leur intégration dans notre code d’analyse.
Pour en savoir + sur HoloPhase3D : cliquez ici
Moyens / Méthodes / Logiciels
Python/Pytorch
Profil du candidat
Vous préparez un diplôme de niveau Bac+ 5 (bioinformatique, data science) et les domaines de l’optique computationnelle et du biomédical vous intéressent.
Vous avez une expérience pratique de l’analyse d’image par IA.
Vous avez une bonne communication, maîtrisez l’anglais et appréciez le travail collaboratif.
Localisation du poste
Site
Grenoble
Localisation du poste
France, Auvergne-Rhône-Alpes, Isère (38)
Ville
Grenoble
Critères candidat
Langues
Anglais (Intermédiaire)
Diplôme préparé
Bac+5 - Diplôme École d'ingénieurs
Possibilité de poursuite en thèse
Non
Demandeur
Disponibilité du poste
01/02/2026
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