L'objectif de ce stage ingénieur sera de mettre en place un protocole complet de traitement d’image afin d’étudier des séquences vidéo de microscopie optique de fluorescence acquises dans le cadre de l’étude in vitro de cultures cellulaires modèles de tumeurs (fibroblastomes, tumeurs NF1). La finalité de cette étude serait de mieux comprendre comment interagissent les différents types cellulaires mis en présence, que ce soit dans une configuration saine ou pathologique.

Pour cela, plusieurs logiciels de référence dans ce domaine seront testés pour mettre en place un protocole complet de traitement allant de la gestion des formats vidéo (entrées / sorties -import vidéo, export d’images), le prétraitement de séquences (corrections de mouvements, stabilisation, correction de biais, etc.) jusqu’à l’analyse cellulaire par des méthodes de segmentation par apprentissage profond -deep learning- (segmentation cellulaire, suivi temporel, etc.) :

• Fiji : https://fiji.sc/
• Icy (Institut Pasteur) : https://icy.bioimageanalysis.org/
• CellProfiler : https://cellprofiler.org/

Une étude des méthodes de l'état de l'art utilisées pour traiter des séquences vidéo, réaliser des segmentations sémantique et d'instance cellulaire sera réalisée en se concentrant sur les techniques de Deep Learning (Cellpose [1], architectures U-Net [2], etc.).

Les données du projet seront mises à disposition par le partenaire de l’Institut Mondor de Recherche Biomédicale expert dans ce domaine. Une base de données vidéo de référence sera constituée et les solutions logicielles identifiées seront testées afin d’évaluer leur performance sur les données du projet. Le développement de tels outils ouvrira des perspectives d'application dans un cadre de développement et de test d’efficacité de nouvelles thérapies.

Vous aurez accès à des ressources computationnelles adaptées au projet (station de travail, moyens de calcul intensif CPU/GPU voire cluster de calcul).

Votre profil 

Vous êtes actuellement en école d’ingénieur.

Compétences techniques et comportementales

Au cours de ce stage, vous serez amené.e à interagir principalement avec l'équipe de traitement de l'image de MIRCen (informaticiens, méthodologistes en traitement de l’image, etc.) et les neurobiologistes de la plateforme d’histologie.

Connaissances et compétences souhaitées :

• Connaissance des environnements Linux et Windows,
• Maîtrise de la programmation dans les langages C, C++ et Python ;
• Connaissances dans le domaine de la parallélisation et du calcul haute performance (CPU/GPU).
• Connaissances générales des techniques de traitement de l’image (segmentation, machine learning – deep learning), de traitement de vidéo et d'un outil de gestion de sources (github)
• Savoir utiliser les suites bureautiques standards (Open Office, Office).

Vous bénéficierez pour réaliser ces développements des savoirs faire, de l’encadrement des équipes du CEA et de l'infrastructure informatique existante (serveurs de calculs internes, plateforme logicielle).

De bonnes capacités d’adaptation à des environnements multidisciplinaires, de coordination et de travail en équipe sont également requises pour ce projet.

Pourquoi nous rejoindre ? ….

En rejoignant l'Institut JACOB, vous intégrez un environnement de recherche dynamique et innovant où vous avez l’opportunité d’apprendre, de grandir et de jouer un rôle clé au sein d’une entité/unité d’excellence.

…ET CE N’EST PAS TOUT !

Les à-côtés de votre mission principale peuvent vous intéresser :

• Un écosystème de recherche à la pointe, dédié à des thématiques à fort enjeu sociétal.
• Des formations pour renforcer vos compétences et booster votre carrière.
• Un équilibre vie privée/vie professionnelle reconnu
• Un CE riche en avantages sociaux, culturels et sportifs.
• Des avantages pratiques : restaurant d’entreprise, transport pris en charge à 75%, et bien plus encore.
• Un cadre de travail verdoyant au cœur de la ville de Fontenay aux Roses, à quelques minutes de Paris en transports

Vous souhaitez faire partie de l’aventure ? Postulez dès maintenant et mettez votre énergie au service de la recherche et de l’innovation ! Envoyé votre CV et lettre de motivation à thierry.delzescaux@cea.fr

Conformément aux engagements pris par le CEA en faveur de l'intégration des personnes handicapées, cet emploi est ouvert à toutes et à tous. Le CEA propose des aménagements et/ou des possibilités d'organisation pour l'inclusion des travailleurs handicapés