Informations générales
Entité de rattachement
Le CEA est un acteur majeur de la recherche, au service des citoyens, de l'économie et de l'Etat.
Il apporte des solutions concrètes à leurs besoins dans quatre domaines principaux : transition énergétique, transition numérique, technologies pour la médecine du futur, défense et sécurité sur un socle de recherche fondamentale. Le CEA s'engage depuis plus de 75 ans au service de la souveraineté scientifique, technologique et industrielle de la France et de l'Europe pour un présent et un avenir mieux maîtrisés et plus sûrs.
Implanté au cœur des territoires équipés de très grandes infrastructures de recherche, le CEA dispose d'un large éventail de partenaires académiques et industriels en France, en Europe et à l'international.
Les 20 000 collaboratrices et collaborateurs du CEA partagent trois valeurs fondamentales :
• La conscience des responsabilités
• La coopération
• La curiosité
Référence
2026-41701
Description de la Direction
La Direction de la Recherche Fondamentale (DRF) du CEA réunit plus de 5000 personnes sur quatre sites et mène des recherches en sciences physiques, chimiques, biologiques et environnementales, en utilisant des technologies de pointe.
L'Institut des sciences du vivant Frédéric Joliot regroupe des équipes situées à Saclay, Gif-sur- Yvette, Orsay, Caen et Marcoule, qui étudient les mécanismes du vivant pour à la fois produire des connaissances et répondre à des enjeux sociétaux au cœur de la stratégie du CEA. L'Institut Joliot comprend 4 départements (DMTS, SHFJ, NeuroSpin et I2BC).
Description de l'unité
Le Département Médicaments et Technologies pour la Santé (DMTS) de l’Institut conduit des recherches interdisciplinaires en chimie, biologie et technologies médicales pour concevoir de nouveaux outils thérapeutiques et diagnostiques. Ses équipes développent des molécules bioactives, des radiotraceurs, des biotechnologies et des dispositifs innovants au service de la médecine du futur.
Le Service de Pharmacologie et d’Immunoanalyse (SPI) du DMTS développe des approches innovantes en biologie, chimie et biotechnologie pour la santé. Ses équipes conçoivent des outils de diagnostic et de thérapie basés sur l’immunoanalyse, la pharmacologie et la bio-ingénierie, couvrant des domaines tels que les maladies infectieuses, la cancérologie, la médecine personnalisée et la biodéfense.
Le Laboratoire innovations en spectrométrie de masse pour la santé (LI-MS) développe des méthodes en chimie analytique et sciences des données pour la spectrométrie de masse à usage biomédical : métabolomique, lipidomique, glycomique, pharmacocinétique et détection de biomarqueurs, pour la recherche translationnelle et l’industrie.
Description du poste
Domaine
Mathématiques, information scientifique, logiciel
Contrat
CDD
Intitulé de l'offre
Ingénieur·e des données de spectrométrie de masse pour l'élucidation structurale (H/F)
Statut du poste
Cadre
Durée du contrat (en mois)
24 mois
Description de l'offre
La création de bases de données de spectrométrie de masse en tandem (MS/MS) est un enjeu majeur pour l’entrainement de modèles d’IA afin de prédire la structure des petites molécules [1]. La constitution de telles bases de données nécessite le développement de workflows computationnels pour planifier les acquisitions, traiter les données, et les formater [2]. Dans le cadre de l’infrastructure de métabolomique (MetaboHUB) et du projet d’IA pour l’élucidation structurale (e-Lucid), de nouvelles données MS/MS multi-modales sont en cours d’acquisition (multiplicité des technologies et des conditions de fragmentation).
[1] Rutz,A. et al. (2026) MultiMS2: A curated multi-modal, multi-energy spectral library for metabolomics. Gigascience. (https://doi.org/10.1093/gigascience/giag069).
[2] Brungs,C. et al. (2025) MSnLib: efficient generation of open multi-stage fragmentation mass spectral libraries. Nat Methods, 1–4. (https://doi.org/10.26434/chemrxiv-2024-l1tqh-v3).
Vous êtes une personne passionnée par l'informatique appliquée à la chimie et souhaitez contribuer à l'excellence de la recherche scientifique ? Rejoignez-nous en tant qu'ingénieur·e des données et participez au développement des workflows computationnels haut-débit pour traiter ces données, créer les bases de données et les diffuser dans la communauté !
Vos missions :
En tant qu'ingénieur informaticien·ne, vos missions sont :
* Le développement de workflows pour la planification des acquisitions, la recherche des métadonnées associées aux molécules, le traitement des spectres, et leur matching avec les grandes bases de données spectrales publiques.
* L'indexation de ces données, leur harmonisation et leur formatage au sein de bases de données pour l’entrainement des modèles d'IA.
* La diffusion de ces bases de données et des librairies logicielles de traitement dans un contexte FAIR auprès des communautés informatiques et expérimentales.
Vous travaillerez au sein de l'équipe Odiscé (https://odisce.github.io/) du CEA à Saclay (https://www.cea.fr/), spécialisée depuis plus de 15 ans dans le développement de méthodes en informatique mathématique (traitement du signal, machine learning, chémoinformatique, gestion de workflows) et de librairies logicielles innovantes en sciences des données de spectrométrie de masse pour la métabolomique de population. Les données et algorithmes sont mis à disposition de la communauté notamment grâce à une suite logicielle (https://github.com/odisce), également disponible sous Galaxy/Workflow4Metabolomics (https://workflow4metabolomics.org/).
Profil du candidat
Vous êtes titulaire d'un diplôme d'ingénieur ou d'un master 2 en informatique et vous avez une spécialisation en sciences des données.
Vous avez une solide formation en programmation Python, en traitement des données, en gestion de workflow (e.g., Nextflow, Galaxy) et en bases de données (e.g., PostgreSQL).
Vous avez si possible une expérience des données de spectrométrie de masse MS/MS.
Vous aimez le travail d'équipe en interaction étroite avec les développeurs en IA et les expérimentateurs chimistes.
Pourquoi nous rejoindre ?
En rejoignant le CEA, vous intégrez un environnement de recherche dynamique et innovant où vous avez l’opportunité d’apprendre, de grandir et de jouer un rôle clé au sein d’une unité d’excellence.
…ET CE N’EST PAS TOUT !
Les à-côtés de votre mission principale peuvent vous intéresser :
* Un écosystème de recherche à la pointe, dédié à des thématiques à fort enjeu sociétal.
* Des formations pour renforcer vos compétences et booster votre carrière.
* Un équilibre vie privée/vie professionnelle reconnu et facilité par des possibilités de télétravail.
* Un CE riche en avantages sociaux, culturels et sportifs.
* Des avantages pratiques : restaurant d’entreprise, transport pris en charge à 75%, navettes dédiées depuis Paris, et bien plus encore.
Vous souhaitez faire partie de l’aventure ? Postulez dès maintenant et mettez votre énergie au service de la recherche et de l’innovation !
Conformément aux engagements pris par le CEA en faveur de l'intégration des personnes handicapées, cet emploi est ouvert à toutes et à tous. Le CEA propose des aménagements et/ou des possibilités d'organisation pour l'inclusion des travailleurs handicapés.
Localisation du poste
Site
Saclay
Localisation du poste
France
Ville
Saclay
Demandeur
Disponibilité du poste
04/01/2027
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