Depuis la pandémie de COVID-19, le CNRGH est également devenu un contributeur clé du consortium Obépine, qui vise à développer des stratégies de surveillance épidémiologique des maladies infectieuses basées sur l’analyse des eaux usées. Initialement centré sur le SARS-CoV-2, le projet Obépine cible désormais l’émergence d’un large éventail de pathogènes.

Dans ce contexte, nous recherchons un(e) ingénieur(e) chercheur ou un(e) postdoctorant(e) afin de réaliser l’analyse bioinformatique, l’interprétation des données de séquençage à haut débit issues d’échantillons d’eaux usées, ainsi que la mise en œuvre d’approches innovantes en génomique virale.

Le/la candidat(e) devra :

·         Mettre en œuvre et optimiser des pipelines bioinformatiques pour l’analyse de génomes viraux issus d’échantillons environnementaux complexes, conformément aux bonnes pratiques et aux recommandations de la communauté scientifique.

·         Traiter et analyser des données provenant de multiples plateformes de séquençage, notamment Oxford Nanopore Technologies, Illumina, Element Biosciences et PacBio, générées par des approches d'enrichissement ciblé et/ou de métagénomique.

·         Contribuer au développement de cadres analytiques robustes pour la surveillance des pathogènes dans les eaux usées. Cela inclut la reconstruction de génomes viraux, l’analyse de variants, l’assignation d’haplotypes et l’interprétation de données métagénomiques provenant d’échantillons hétérogènes et bruités.

·         Collaborer étroitement avec les scientifiques expérimentateurs afin d’intégrer la conception expérimentale et l’analyse bioinformatique, de fournir des solutions de reporting aux équipes expérimentales et de soutenir le développement d’approches innovantes et fiables pour la surveillance des pathogènes dans les eaux usées.

·         Contribuer à la valorisation scientifique des travaux à travers des présentations en congrès, des publications scientifiques et une documentation rigoureuse des développements bioinformatiques réalisés.

Le/La candidat(e) doit être titulaire d’un doctorat ou d’un diplôme d’ingénieur en bioinformatique, biologie computationnelle, mathématiques appliquées ou dans un domaine connexe. Une solide expérience dans un ou plusieurs des langages suivants est attendue : Python, C, C++, R ou bash. Le/La candidat(e) doit également justifier d’une expérience confirmée en analyse de données de séquençage nouvelle génération, en métagénomique et/ou en génomique virale, ainsi que de bonnes compétences en développement de pipelines bioinformatiques (alignement de séquences, assemblage génomique, détection de variants, approches métagénomiques, etc.). Une expérience en virologie, génomique environnementale, statistiques ou phylogénie constituerait un atout majeur, de même qu’une expérience préalable sur des clusters de calcul haute performance.

Le poste requiert une bonne capacité à travailler efficacement dans un environnement multidisciplinaire, ainsi qu’un esprit analytique, de la rigueur scientifique, de l’autonomie et de bonnes capacités d’organisation. Un fort intérêt pour la veille scientifique et technologique est également attendu. Une bonne maîtrise du français et de l’anglais, à l’écrit comme à l’oral, est indispensable.

Candidature

Il s’agit d’un poste de 19 mois, disponible à partir de septembre 2026. Les candidat(e)s sont invité(e)s à envoyer un CV, une lettre de motivation ainsi que les coordonnées de deux références à l’adresse suivante : gerber@cnrgh.fr.