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Moteur de recherche d'offres d'emploi CEA

Stage M2 Nouvelles approches par réseaux de neurones convolutifs pour le traitement données H/F


Détail de l'offre

Informations générales

Entité de rattachement

Le Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA) est un organisme public de recherche.

Acteur majeur de la recherche, du développement et de l'innovation, le CEA intervient dans le cadre de ses quatre missions :
. la défense et la sécurité
. l'énergie nucléaire (fission et fusion)
. la recherche technologique pour l'industrie
. la recherche fondamentale (sciences de la matière et sciences de la vie).

Avec ses 16000 salariés -techniciens, ingénieurs, chercheurs, et personnel en soutien à la recherche- le CEA participe à de nombreux projets de collaboration aux côtés de ses partenaires académiques et industriels.  

Référence

2022-23872  

Description de l'unité

Au sein de l'Institut Joliot, le Département « Médicaments et Technologies pour la Santé » (DMTS) est une unité mixte de recherche (UMR 0496 CEA-INRAE-Université Paris-Saclay), basée majoritairement au CEA Saclay, qui mène des activités de recherche dans le domaine de l'innovation moléculaire et computationnelle à des fins thérapeutiques et de diagnostic. La recherche en sciences omiques par spectrométrie de masse pour la médecine de précision est l'un des axes structurants de l'unité, qui est membre fondateur de l'infrastructure nationale en métabolomique et fluxomique (MetaboHUB). L'équipe sciences des données (Odiscé) développe des méthodes et librairies logicielles innovantes en mathématiques appliquées et statistiques pour le traitement (traitement du signal), l'analyse statistique intégrative (machine learning) et l'annotation (chimio-informatique) des données de grande dimension au sein de large cohortes. Les données, algorithmes et workflows sont mis à disposition de la communauté, notamment grâce à une suite de librairies logicielles disponibles sur R/Bioconductor.

Description du poste

Domaine

Mathématiques, information  scientifique, logiciel

Contrat

Stage

Intitulé de l'offre

Stage M2 Nouvelles approches par réseaux de neurones convolutifs pour le traitement données H/F

Sujet de stage

L'objectif de ce stage est de développer des approches de traitement et d'annotation des données brutes MS (considérées comme des images) grâce aux CNNs, pour réduire le nombre de faux positifs et négatifs, et reconnaitre automatiquement les patterns de fragmentation. Les nouveaux algorithmes et outils logiciels seront appliqués à la détection et quantification de biomarqueurs dans les échantillons de cohortes de patients.
La première partie du stage consistera à extraire les signaux d'intérêt dans les données brutes sous forme d'images. Dans un deuxième temps, plusieurs architectures CNNs pour l'étiquetage automatique des signaux seront comparées. L'apprentissage sera effectué grâce à une large base de données spectrales sur des échantillons humains disponible au laboratoire.

Durée du contrat (en mois)

6 mois à compter de mars 2023

Description de l'offre

La métabolomique globale par spectrométrie de masse (MS) est un outil puissant pour la découverte de biomarqueurs en santé et la médecine de précision. Toutefois, le prétraitement et l’annotation sont actuellement des étapes limitantes dans l’analyse des données [1], qui requièrent une validation manuelle chronophage.
Les approches de deep learning en intelligence artificielle ont révolutionné ces dernières années la capacité à extraire automatiquement le signal. En particulier, les réseaux de neurones convolutifs (CNN) ont montré des performances de classification très élevées notamment dans le domaine de l'imagerie [2].

 

Références :

[1] Delabriere et al. (2021) SLAW: A scalable and self-optimizing processing workflow for untargeted LC-MS. Analytical Chemistry, 93, 15024–15032.

[2] LeCun et al. (2015) Deep learning. Nature, 521, 436–444.

Profil du candidat

Nous recherchons un.e candidat.e avec un très bon dossier en mathématiques appliquées (traitement du signal, statistiques, informatique), et motivé.e par les applications multidisciplinaires (chimie, biologie, clinique). Le master pourra se prolonger par une thèse.

 

Date limite de candidature : 30 novembre 2022

Contact : Merci d’adresser votre candidature (CV détaillé avec les expériences de recherche, notes Master 1 et lettre de motivation)

Localisation du poste

Site

Saclay

Localisation du poste

France, Ile-de-France, Essonne (91)

Ville

  Saclay

Critères candidat

Diplôme préparé

Bac+5 - Master 2

Demandeur

Disponibilité du poste

01/03/2023