Le laboratoire a récemment développé HoloPhase3D, un microscope holographique 3D qui permet d’observer et de suivre en temps réel le développement d’objets biologiques complexes et multi-diffusant (tels que des embryons de souris et des organoïdes). Ce microscope est associé à des algorithmes multicouches pour la reconstruction d’images en 3D et à des algorithmes d’analyse basés sur l’IA pour la segmentation automatique des cellules ainsi que de certaines structures intracellulaires. Toutefois, la segmentation des structures spécifiques (par exemple les noyaux cellulaires) reste encore un défi majeur en imagerie de phase, car la résolution en z et le contraste limité ne permettent pas une définition robuste des contours.

Dans ce contexte, le microscope actuel sera enrichi d’une voie optique en épifluorescence, afin de visualiser les structures intracellulaires avec des marqueurs fluorescents. Pour la mise en place de l’analyse, vous serez responsable de développer des réseaux de neurones dédiés à la détection et segmentation de différentes structures marquées en fluorescence en 3D, et à la quantification des métriques associées en imagerie de phase.

Plus précisément, votre mission consistera à :

• Concevoir et développer des algorithmes d’IA pour la coloration virtuelle des images de phase à partir des images obtenues en fluorescence
• Appliquer ces nouveaux algorithmes sur des time-lapse d’images acquises sans marquage, afin de valider leur efficacité dans le temps et réaliser des analyses morphologiques.
• Proposer des pistes d’amélioration pour optimiser les performances des algorithmes et leur intégration dans le code d’analyse existant.

Qu'attendons-nous de vous ?

• Diplôme d’ingénieur et/ou doctorat en traitement du signal/traitement de l’image/intelligence artificielle/data science avec un fort intérêt pour l'imagerie biomédicale
• Solide expérience en programmation (Python) et en segmentation d’image
• Une expérience réussie dans un groupe de bio-imagerie et/ou  en segmentation d’image 3D serait un atout
• Maîtrise du français et/ou de l'anglais (oral et écrit), compétences en communication claire et efficace
• Capacités à travailler au sein d’une équipe multidisciplinaire

Vous avez encore un doute ? Nous vous proposons :

• Un écosystème de recherche à la pointe, unique en son genre et dédié à des thématiques à fort enjeu sociétal,
• Une expérience sur une thématique à la pointe de l’innovation, comportant un fort potentiel de développement industriel,
• Des activités porteuses dans un contexte économique favorable,
• Un poste au cœur de la métropole grenobloise, facilement accessible via la mobilité douce favorisée par le CEA,
• Des formations pour développer ou renforcer vos compétences,
• Un équilibre vie privée – vie professionnelle reconnu,
• Un accord de télétravail,
• L’accès à une épargne abondée par le CEA,
• Une rémunération selon vos diplômes et votre expérience,
• Un CSE actif en termes de loisirs et d’activités extra-professionnelles,
• Des restaurants d’entreprise
• Une politique diversité et inclusion

Rejoignez-nous !

Conformément aux engagements pris par le CEA en faveur de l'intégration des personnes handicapées, cet emploi est ouvert à toutes et à tous. Le CEA propose des aménagements et/ou des possibilités d'organisation pour l'inclusion des travailleurs handicapés.